Le village de Konoha subit une attaque aérienne soudaine ! Le cauchemar des Grandes Guerres Ninjas recommence… En apprenant que leur village est menacé, Naruto et les ninjas de Konoha entrent en action! Sasuke, qui a quitté le village pour se venger de son frère aîné Itachi, réapparaît à nouveau face à Naruto. Cet ancien compagnon est-il finalement un allié ou un ennemi ?! Une histoire de « liens » commence, où chaque ninja met en jeu ses propres convictions…